Rebooting significa iniciar el sistema nuevamente. Se puede realizar finalizando el sistema, apagando la máquina y entonces encendiendo de vuelta. Un método más práctico para tener el mismo efecto consiste en indicarle al comando shutdown que reinicie el sistema, en vez de que lo detenga. La opción -r del comando shutdown puede realizar la acción anterior, y puede utilizarse inmediatamente, por ejemplo: shutdown -r now.

La mayoría de los sistemas Linux ejecutan el comando shutdown -r now cuando se oprime la combinación de teclas ctrl-alt-del (y reinician el equipo). La manera de operar de ctrl-alt-del se puede configurar y es una buena idea postergar la acción durante algún tiempo antes de reiniciar una máquina multiusuario. Los sistemas en los que cualquier persona puede acceder físicamente es conveniente configurar ctrl-alt-del para que no haga nada. En algunos Linux también logramos el mismo efecto con el comando reboot.