No siempre es posible iniciar el sistema desde el disco duro. Por ejemplo, un error en la configuración de LILO, puede ocasionar que sea imposible iniciar el sistema. En esas situaciones, es necesario tener una manera alternativa de iniciar el sistema que funcione siempre (si es que no es el hardware la causa del problema de inicialización). Para las computadoras de tipo PC, esta alternativa es iniciar el sistema desde la unidad de disquete.

La mayoría de las distribuciones de Linux permiten la creación de un disco de arranque de emergencia (emergency boot floppy) al momento de efectuar la instalación del sistema. Es conveniente aprovechar esta opción. Sin embargo, se debe tener en cuenta que algunos de estos disquetes de arranque solo contienen el kernel y presuponen que empleará los programas que vienen en los discos de instalación para resolver el problema.

Algunas veces eso puede no ser suficiente, por ejemplo si necesita recuperar archivos desde copias de seguridad realizadas con programas que no vienen en los discos de instalación.

En estos casos es necesario crear uno o varios disquetes con un sistema de archivo raíz personalizado (y que contenga todas las utilidades necesarias para casos de emergencia). El HOWTO Bootdisk de Graham Chapman contiene instrucciones de como hacerlos. Es importante también, recordar que los disquetes de arranque generados para casos de emergencias deben estar siempre actualizados.

No se puede utilizar la unidad de discos flexibles para para montar el disquete con el sistema de archivos raíz (root filesystem root /) si esa misma unidad es la que utiliza para iniciar el sistema. Esto es un problema cuando sólo contamos con una sola unidad de disquete. Sin embargo, si se tiene suficiente memoria, es posible configurar el diskette de arranque para que se cargue en un disco virtual en memoria (ramdisk). Cuando el disquete de arranque ha sido cargado en el disco virtual, la unidad de diskette es liberada y puede ser utilizada para montar otros disquetes.