Las copias de seguridad ocupan una gran cantidad de espacio, por lo que puede ser costoso al momento de invertir en el medio a utilizar. Para reducir el espacio necesario la copias de seguridad pueden ser comprimidas. Existen varias formas de hacerlo, pero una de la mas práctica es utilizar directamente programas con soporte para compresión. Por ejemplo GNU tar, cuya opción --gzip (-z) hace que la información resguardada sea procesada por el programa de compresión gzip antes de ser copiada al medio para backups.

Desafortunadamente las copias de respaldo comprimidas pueden causar problemas. Debido a la naturaleza de como la compresión funciona, si un simple bit es incorrecto, todo el resto de los datos comprimidos son inutilizables. Algunos programas para backups pueden corregir algunos de estos errores, pero ningún método de los implementados pueden manejar un gran número de errores. Esto significa que si la copia de seguridad es comprimida en la manera en que GNU tar lo hace (la salida de la copia comprimida es una única unidad), el backup completo puede ser inútil si tan solo existe un simple error. Las copias deben ser confiables, y este método de compresión no es una buena idea.

Una manera alternativa es comprimir cada uno de los archivos separadamente. El problema mencionado anteriormente aún persiste, pero si un archivo en el backup se encuentra dañado, al menos los demás no sufren los efectos colaterales. El archivo perdido podría de cualquier forma tener algún otro tipo de error (en su versión original), por lo que esta situación no parece ser menos favorable para decidir no utilizar ningún tipo de compresión. El programa afio (una variante del programa cpio) es capaz de trabajar de esta manera.

La compresión lleva tiempo, por lo que el programa para backups puede no ser capaz de escribir lo suficientemente rápido a una unidad de cinta.. ^[52] Puede evitar este problema si la salida es mantenida en un buffer (implementado internamente si el programa es un poco inteligente, o utilizando algún otro programa), pero aún puede no llegar a trabajar lo suficientemente bien. Bajo este panorama es importante que controle el estado de la finalización de las tareas de respaldo, y note que este último problema solo puede suceder en computadoras lentas (o en computadoras muy fuertemente utilizadas, en donde el programa de compresión no tenga muchas chances de utilizar la CPU a tiempo).